1780年，约瑟夫二世任命阿尔布雷希特和咪咪为奥地利低地国家联合执政官，同时又将贝尔吉奥诺索伯爵作为钦差大臣安插在他们身边，授权他执行约瑟夫的教会和政府全面改革计划。执政官就此沦为没有实权的傀儡。无论如何，约瑟夫都赶在执政官夫妇二人抵达之前对低地国家亲自进行了实地考察。尽管他轻装简从，微服私访，所到之处只在旅馆落脚，但仍抽出时间听取请愿，质询官员，他还命人将赤身裸体的亚当和夏娃从凡·艾克兄弟[7]创作的《根特祭坛画》中移除（某些有碍观瞻的部位随后被用油漆遮盖）。尽管他的巡视只持续了不足两个月，但约瑟夫对自己的所见所闻颇为自得，根本不屑听取阿尔布雷希特和咪咪夫妇的意见。正如他意有所指地解释道，选拔大臣的标准取决于他们的天赋和能力，而对于执政官，唯一的要求就是出身皇室。
约瑟夫按照惯例强行推进教会改革，颁布宽容法令和民事婚姻法，关闭了160所修道院，明令取缔大部分宗教节日，将培养牧师的权力集中收归一所神学院。在约瑟夫的授意下，顽固不化的杨森教徒，斐迪南·斯特格姆成为神学院新任院长，这位新院长对教会早期历史的研究经历令他对罗马天主教的陈词滥调嗤之以鼻。学生们拒绝注册进入神学院，纷纷走上街头游行示威，并对斯特格姆的画像处以绞刑。贝尔吉奥诺索调集军队驱散了示威的学生。1787年，不为形势所动的约瑟夫废除了传统行省，代之以九个大区，并委任行政长官治理，他还在毫无必要的情况下解散了大量地方法庭。